本发明提供一种医学图像分类方法和系统,其方法包括:获取图像模板;分割所述图像模板中组织位置对称分布的两个感兴趣区域,获取所述两个感兴趣区域的标准图谱;将所述图像模板和所述标准图谱分别配准到图像样本总库中的每个第一图像上;基于配准后的标准图谱,分割获取所述每个第一图像中的所述两个感兴趣区域;计算所述每个第一图像中的所述两个感兴趣区域的第一偏侧性向量;利用所述第一偏侧性向量训练图像数据分类器,获取训练后的图像数据分类器。本发明提供了一种可适用于除脑部图像以外的针对医学图像进行分类和处理的方法,特别适用于脑部医学图像的分类,其方法简单、操作简便。