本发明公开了一种基于混合迭代的同轴相衬成像相位恢复方法及系统,该方法包括:采集两个位置的物体图像和背景图像;根据物体图像和背景图像,将两个位置的物体图像进行归一化处理,选择归一化后的一个位置的物体图像为参照物体图像、另一个位置的物体图像为对照物体图像,将参照物体图像和对照物体图像进行图像精确配准,获得第三物体图像;根据第一迭代算法、第三物体图像和参照物体图像,计算参照物体图像对应位置的初始收敛相位分布;根据第二迭代算法、第三物体图像、参照物体图像以及参照物体图像对应位置的初始收敛相位分布,计算参照物体图像对应位置的最终收敛相位分布。实施本发明实施例,可以增强相位恢复的精确度、效率和稳定性。