本发明涉及一种基于超声回波射频信号的多普勒血流速度估测方法和系统。所述方法包括:转换步骤,将整帧的超声回波射频信号转换为解析信号;划分步骤,将整帧的解析信号根据预设窗口长度进行分段,得到分段窗口数据段;积和步骤,对相邻的两帧信号,将对应分段窗口数据段进行一次无偏移的积和运算,得到目标复数;相位计算步骤,计算所述目标复数的相位;速度估算步骤,利用所述相位计算得到两帧信号间隔中血流的平均移动速度。上述基于超声回波射频信号的多普勒血流速度估测方法,不需进行信号分解和低通滤波,既简化了计算,也消除了滤波对结果的负面影响,减小了计算量,大大缩短了计算时间。